本病发生原因尚不清楚，文献介绍与下列因素有关：慢性炎症，如肛瘘，肛裂，化脓性汗腺炎，肛门尖锐湿疣，肛门白斑，骶尾部畸胎瘤等，均可视为癌前期病变，由于慢性长期刺激，引起细胞退行性变化，失去正常再分化能力，以致癌变。
肛瘘(30%)：
肛瘘又称“肛门直肠瘘”，大部分肛瘘由肛门直肠脓肿破溃或切开排脓后形成。脓肿逐渐缩小，但肠内容物仍不断进入脓腔，在愈合缩小的过程中，常形成迂曲的腔道，引流不畅不易愈合，日久后腔道周围有许多瘢痕组织，形成慢性感染性管道。
肛裂(30%)：
肛裂是齿状线下肛管皮肤层裂伤后形成的小溃疡。方向于肛管纵轴平行，长0.5～1.0cm，呈梭形或椭圆形，常引起肛周剧痛。多见于青、中年人，绝大多数肛裂位于肛管的后正中线上，也可在前正中线上，侧方出现肛裂极少。若侧方出现肛裂应想到肠道炎性疾病(如结核、溃疡性结肠炎及Crohn病等)或肿瘤的可能。
肛门尖锐湿疣(15%)：
肛门尖锐湿疣引是一种由人类乳头瘤病毒引起，发生于肛门及肛周皮肤粘膜交界处的疣状赘生物，属性传播疾病，常因接触带病毒的物器或性接触感染所至。
