由于肛瘘与痔疮都属于肛肠疾病，而且发病部位都是在肛门，且都有疼痛跟出血的症状，所以很容易把肛瘘和痔疮混淆。但是它们的发病原理是不同的，所以它们也是很容易区分的。
痔疮的一个主要症状是内痔脱出。脱出于肛门外的内痔，受到括约肌的夹压，静脉回流受阻，而动脉血仍不断输入使痔核体积增大，直至动脉血管被压闭，血栓形成，出现痔核变硬、疼痛，难以送回肛门内。肛瘘也是常见的肛门疾病。也可以称为痔漏，是肛管、直肠周围脓肿溃破切开后的后遗症。肛瘘大多是非特异性感染，少数是结核性的。其内口位置是在齿线附近，外口位于肛门周围皮肤上，长年不愈有可能病变成肠恶变。
肛瘘是由于肛门周围脓肿而导致的一种疾病，不经过治疗是很难自愈的。而其后果即是长期从瘘外口流出脓汁、分泌物，甚至粪便。很多患者误以为消肿就治好了肛瘘，其实不然，脓肿消除只是治标，而肛门里面内瘘口并没有消除，病灶在，那么肛瘘就容易复发，很多患者出现一年发作一次的现象，原因就在于此。肛瘘每发作一次，就可能形成一条瘘管，一般的患者有1～2条，多的有十几条。瘘管多了，反复刺激括约肌，会导致括约肌机能减退，大便失禁，甚至发生肛管恶变。肛管恶变病例在肛肠科临床上时有发现，其中不乏一些年轻病人。
治疗肛瘘关键是找到内瘘口，然后完全切除，专业医师操作，找得准，切得快，患者遭受的痛苦小，一些非专业的医师操作，不仅切不干净、容易复发，更严重的会损伤括约肌，导致众多的并发症，甚至造成肛门失禁，给患者带来莫大的痛苦。
患者在进行治疗时，一定要把肛瘘与痔疮区别开来，不要把肛瘘当成痔疮，而影响治疗，延误病情。肛瘘患者最好到专业的肛肠医院进行检查，做出正确的诊断，才能找到正确的治疗方法。
