引起不孕的病因有许多，除了生殖、内分泌异常及生殖器官异常可导致不孕外，一些全身性疾病也可致不孕。最常见的是内分泌及代谢方面的疾病，如甲状腺机能亢进、甲状腺机以减退、肾上腺皮质功能异常、糖尿病及肥胖症等。
一、肥胖症
肥胖是指由于能量摄入和消耗之间平衡失调，多余的能量以脂肪的形式在体内聚积造成体重增加，体重超过理想体重的20%或体重指数(BMI)>26者。随着现代化生产水平及人们生活水平的提高，尤其在发达国家，肥胖的发病率越来越高，并且与糖尿病、冠状动脉粥样硬化性心脏病、心血管疾病、高血压、高脂血症等病的发病密切相关。肥胖症还可导致卵巢功能异常、子宫发育不良、不孕症、性机能异常及外阴、阴道炎等妇科疾患。已经证实肥胖症患者不孕的发生率明显高于体重正常者。
二、甲状腺功能障碍
甲状腺功能障碍可引起雌激素代谢障碍、FSH及LH分泌异常，常表现为明显的卵巢机能不全而很少妊娠。目前对于甲状腺机能异常导致不孕的病理机制尚无足够的认识，可能与下列因素有关：
1、卵巢功能异常临床研究表明，甲状腺机能低下的患者促性腺激素的分泌呈脉冲式，但基线水平较正常者高，从而影响了排卵。部分患者虽然体内雌激素水平正常，有正常的或近似正常的月经周期，仍存在不孕，可能因垂体促性腺激素效能降低或存在抗卵巢作用，亦会造成不排卵。
2、自身免疫甲状腺机能障碍伴不孕患者中甲状腺抗体阳性者所占比例较高，说明该类不孕可能与自身免疫功能异常有关。
3、代谢异常在甲状腺机能减退的患者常因代谢功能低下而导致肥胖，从而增加了不孕的发病率。
4、影响子宫发育动物实验研究了甲状腺机能低下的大鼠子宫结构，发现子宫内膜减少，肌层变薄、宫角体积减少。
三、糖尿病
糖尿病可致糖、脂肪、蛋白质等体内多种物质代谢功能紊乱，女性患者常同时伴有不孕及月经紊乱，或妊娠后发生死胎、早产或巨大胎儿。糖尿病造成女性不孕的病因现在还不清楚，文献报道不多。可能与下列因素有关：
1、自身免疫：在部分糖尿病伴不孕患者血浆中可查到抗胰岛素抗体，其中一些病例还可同时测到卵巢抗体。
2、肥胖：部分糖尿病人因代谢紊乱致肥胖，而肥胖是不孕的原因之一。
