1.体质因素
本病主要发生在婴幼儿，其内因特点：
(1)婴儿胃肠道发育不够成熟，酶的活性较低，但营养需要相对地多，胃肠道负担重。
(2)婴儿时期神经、内分泌、循环系统及肝、肾功能发育均未成熟，调节机能较差。
(3)婴儿免疫功能也不完善。血清大肠杆菌抗体滴度以初生至2周岁最低，以后渐升高。因而婴幼儿易患大肠杆菌肠炎。母乳中大肠杆菌抗体滴度高，特别是初乳中致病性大肠杆菌分泌型IgA高，所以母乳喂养儿较少发病，患病也较轻。同理小婴儿轮状病毒抗体低，同一集体流行时，小婴儿罹病多。
(4)婴儿体液分布和成人不同，细胞外液占比例较高，且水分代谢旺盛，调节功能又差，较易发生体液、电解质紊乱。婴儿易患佝偻病和营养不良，易致消化功能紊乱，此时肠道分泌型IgA不足，腹泻后易於迁延。
2.感染因素
分为消化道内与消化道外感染，以前者为主。
(1)消化道内感染 致病微生物可随污染的食物或水进入小儿消化道，因而易发生在人工喂养儿。哺喂时所用器皿或食物本身如未经消毒或消毒不够，亦有感染可能。病毒也可通过呼吸道或水源感染。其次是由成人带菌(毒)者的传染，如病房内暴发细菌性(或病毒性)肠炎后部分医护人员受染，成为无症状肠道带菌(毒)者，可导致病原传播。
(2)消化道外感染 消化道外的器官、组织受到感染也可引起腹泻，常见于中耳炎、咽炎、肺炎、泌尿道感染和皮肤感染等。腹泻多不严重，年龄越小者越多见。引起腹泻的原因一部分是因为肠道外感染引起消化功能紊乱，另一部分可能是肠道内外均为同一病原(主要是病毒)感所引起。
(3)滥用抗生素所致的肠道菌群紊乱 长期较大量地应用广谱抗生素，如氯霉素、卡那霉素、庆大霉素、氨苄青霉素、各种头孢霉素，特别是两种或以上并用时，除可直接刺激肠道或刺激植物神经引起肠蠕动增快、葡萄糖吸收减少、双糖酶活性降低而发生腹泻外，更严重的是可引起肠道菌群紊乱。此时正常的肠道大肠杆菌消失或明显减少，同时耐药性金黄色葡萄球菌、变形杆菌、绿脓杆菌、难辨梭状芽胞杆菌或白色念珠菌等可大量繁殖，引起药物较难控制的肠炎。
3.消化功能紊乱
(1)饮食因素。
(2)不耐受碳水化物。
(3)食物过敏。
(4)药物影响。
(5)其他因素：如不清洁的环境、户外活动过少、生活规律的突然改变、外界气候的突变(中医称为“风、寒、暑、湿泻”)等也易引起婴儿腹泻。
