生殖器疱疹和单纯疱疹虽然都是由疱疹病毒感染引起的疾病，但它们并不属于同一种类，生殖器疱疹是性传播疾病的一种，而单纯疱疹属于病毒性皮肤病。具体区别如下：
生殖器疱疹与单纯疱疹的区别有：
1、致病病毒不同
单纯疱疹病毒分为I、II两种类型，I型单纯疱疹病毒(HSV-1)通过呼吸道、皮肤和粘膜密切接触传染，主要引起咽、口唇、眼及皮肤感染，此种感染临床上称为单纯疱疹;II型单纯疱疹病毒(HSV-2)则是生殖器疱疹的主要致病病毒，存在皮肤和粘膜损害的渗出液、精液、前列腺分泌液、宫颈、阴道分泌液中，主要通过性交传染，引起原发性生殖器疱疹。
2、症状表现不同
生殖器疱疹首先起于皮肤发红，继而出现成群针尖大小水疱，几天后变干结痂，可有色素沉着。而单纯性疱疹起病时先局部充血，随即产生圆形水疱，破裂呈浅表溃疡，然后产生黄白色结痂脱落，持续溃疡一周左右。症状上仔细辨别，可以看出两者的明显不同。
3、症状发生部位不同
单纯性疱疹又称热性水疱，可以再全身出现，但最易发生于牙龈、口腔内侧、嘴舌外侧、鼻子、脸颊、手指等处，这些症状一般比较容易识别。而生殖器疱疹顾名思义，多发生在生殖器上及附近，男性发病部位为包皮、龟头、冠状沟、阴茎等部位，也可出现于前列腺、尿道、肛门、直肠。女性则常出现在外阴、大小阴唇、阴蒂、阴道，也可发生于肛门、尿道等。这两者在发病部位上的不同可以作为区分的重点。
