一、患者长时间的疼痛使机体神经内分泌、循环系统、呼吸系统和消化系统等一系列生理活动系统发生病变。
例如，由于发作性疼痛的刺激，中枢神经系统长期处于兴奋状态，交感神经兴奋性增高，表现为儿茶酚胺分泌增多，糖原分解增强，交感神经系统活动增强，导致周围血管收缩，血压升高，心律加快。再加上病人因害怕三叉神经痛发作而不敢进食，使病人的身体出现负氮平衡，从而加剧了三叉神经痛的发作。这是三叉神经痛的一个常见危害。
其次，危害还表现在由于患者长期的剧烈疼痛使三叉神经痛患者不敢洗脸，不敢吃饭、漱口、刷牙，使患者的身体处于营养不良的状态，面容憔悴，身体消瘦。
严重影响患者身体健康的同时，三叉神经痛也会给患者带来心理上的伤害，患者长期处于精神压抑、紧张、焦虑的状态，加重了患者的痛苦，严重影响了患者的日常交流。有些患者还存在轻生的念头，精神总是处于崩溃的边缘。
