主要是促进孤独症儿童的社会化和语言发展，尽可能排除患儿的病态行为，如刻板、自伤、侵犯性。一般采用在高度结构化的环境中进行特殊行为矫正。由于患儿的缺陷及其家庭环境的个性差异较大，因此，治疗方案应个别化，移植到家里或其他场合。促进儿童的社会化发育，不宜长期住院，以家庭为基地，通过训练父母，取得家庭成员的密切合作，以达到行为治疗的最佳效果。 药物治疗：目前药物治疗还无法改变孤独症的病程，只能在一定程度上控制症状。使用的药物主要有抗精神病药物的中枢神经兴奋剂、抑郁制剂、维生素等。
适当教育设施渐受重视的同时，以行为学说为基础之治疗方式亦开始发展，到了一九六O年代中期，制约理论已经广泛的被运用在多种儿童问题的治疗上，而自闭症儿童经由行为治疗的隔离、消弱、惩罚、差别增强等方法而改善不当的行为，包括自伤、自我刺激、过动、攻击行为等。后来操作制约技巧开始运用在自闭症患者其它能力的增进，如生活自理、职能训练等，甚至更进一步被运用在社会人际互动及语言沟通能力之训练上。虽然效果卓著，但仍有以下的问题需要考虑：
一、许多的治疗研究几乎都是个案的报告，无法有效的对照。
二、治疗进行多数只针对一项行为的特定变化，并未有长远、具体的影响考量。
三、很少考虑儿童在不同发展阶段的需要及个别的差异。
四、行为变化之评量多数在治疗场所进行，未考虑能否类化到非治疗的其它场所
五、长期的追踪辅导是相当需要的
对于孤独症儿童的治疗，应做到早发现，早诊断，早干预。由于国内对孤独症认识较晚，国外很早开展的早期干预在我国才刚刚起步。早期干预是一种有目的、有系统、有组织的教育措施，能使6岁以前发现的孤独症儿童恢复正常或接近正常，使其智力、社交能力、语言表达能力、生活自理能力等得到不同程度的提高，部分儿童可在学前期进入正常学校学习。
早期干预的主要范围是儿童的五大行为领域。在运动方面，包括大运动和精细动作，如双脚同时跳、拍球、串球等，可促进大脑的发育，增强儿童的手眼协调性。在语言方面，包括语言理解、发音和表达。在认知方面，包括视觉认知，如辨别颜色;听觉认知，如辨别声音;触觉认知，如感受冷热;对数的理解。在生活自理方面，包括训练他们洗脸、刷牙、穿衣等基本的独立生活能力。在社会交际方面，鼓励他们参与集体活动，集体游戏，纠正与他人交往中不恰当的表达方式：如吐口水、怪叫等;进行社会交往的培养，使其与外界沟通，回归社会。
