可能有人认为，顾名思义，生殖器疱疹一定有水疱。其实，生殖器疱疹不一定有水疱。初次发病者中水疱多见，但复发病人常无明显的水疱。而且生殖器疱疹的症状表现多种多样，可以是典型的集簇性水疱、脓疱、溃疡及结痂，也可以是红斑、丘疹、裂隙、硬结、毛囊炎、类似皮肤擦破、包皮龟头部红肿渗液等不典型损害。此外，无症状亚临床感染者更为普遍。
生殖器疱疹约85%～90%由2型单纯疱疹病毒(HSV-2)引起，10%～15%由1型单纯疱疹病毒(HSV-1)引起。HSV是一种DNA病毒，核心为线状双链DNA。
患者如果没有无单纯疱疹的病史，血清中无HSV抗体。感染HSV后，临床表现最重。患者是与有活动性单纯疱疹损害者发生性接触后发病的。潜伏期3～14 天，平均6天左右。男性好发在龟头、冠状沟、包皮、阴茎;女性好发在外阴、宫颈、肛周及臀部，出现多数粟粒大丘疹、水疱，可彼此融合成片。
