潜伏期为8至30天，平均为18天。多数患者无前驱症状，但以耳下部肿胀为首发症状，少数病例可有短暂的非特异性不适（数小时至2天），可出现肌肉酸痛、食欲不振、嗜睡、头痛、低热、结膜炎、咽喉炎等症状。近10多年来，中国的流行性腮腺炎比以前严重，表现为发热时间长，并发症多，门诊中住院患儿比例高。
发病多为迅速，发热、寒战、头痛、咽痛、食欲差、恶心、呕吐、全身疼痛等。几小时至1至2天后，腮腺明显肿大。发烧的温度从38到40℃不等，症状的严重程度变化很大，一般来说，成年患者的症状更严重。腮腺的肿胀最有特点，一侧先肿，也有两侧同时肿的；一般以耳垂为中心，向前、向后、向下发展，呈梨形，质地坚韧，边缘不明显。腺体明显增大时，肿胀疼痛，敏感度高，张口咀嚼和吃酸性食物时更明显。皮肤紧张而有光泽，表面有灼热感，但不发红，触之有轻度疼痛。腮腺周围的细胞组织也可能出现水肿，一直到颞弓和颧弓，再到下颌和颈部，胸锁乳突肌也可能受到影响（偶尔胸骨前也可能出现水肿），从而使外观变形。
通常一侧腮腺在肿胀后1至4天（偶尔1周后）受累，约75%的病例为双侧肿胀。下颌下腺或舌下腺也可同时受累。下颌下腺肿大，颈部明显肿胀，颌下可摸到有轻度触痛的椭圆形腺体：舌下腺也可同时受累。
腮腺导管口（位于上颌第二磨牙旁的口腔粘膜上）在早期阶段常常发红和肿胀。唾液分泌最初会增加，然后因潴留而减少，但口干症状通常不明显。
腮腺的肿胀大多在1～3天达到高峰，4～5天后继续消退并恢复正常。整个病程约为10至14天。
非典型病例可表现为单纯性睾丸炎或脑膜炎症状，但无腮腺肿胀，或仅有颌下腺或舌下腺肿胀。
