中医学认为扁平疣，疣系阴血不足，肝失荣养，气血不和，血枯生燥，筋气外发于肌肤，或风毒之邪侵袭，阻于经络，凝聚肌肤而成。
现代医学认为，疣为病毒性皮肤病，寻常疣、扁平疣、尖锐湿疣均由乳头瘤病毒引起，三者都有表皮角化过度，棘层肥厚，皮突延长等病理改变。传染性软疣是由传染性软疣病毒(属痘类病毒)引起，表皮细胞内含有软化疣小体和发生变性是其特征。
根据临床表现，结合病理检查，邓可确诊，但应与增殖型肛门结核、生殖器癌、生殖器鲍文样丘疹病相鉴别。
由于疣的种类不同，临床表现各异：
扁平疣呈米粒及芝麻大扁平隆起的损害，表面光滑，色浅褐或正常皮色。
传染性软疣初起为米粒大、半球形丘疹，中心有小白点，逐渐增至如绿豆大，境界明显，质硬，中心凹陷似脐窝，呈灰白、乳白、微红或正常皮色，表面光滑。损害数目不定，少数散在，或数个簇集，不想融合，可挤出白色乳酪样物。
寻常疣初起为米粒大小，微黄色角化性丘疹，中央可见一针头小红点，逐渐增至绿豆大小，圆形或多角形乳头状隆起，境界明显，质硬，表面粗糙呈刺状，灰白，污染或污褐色。初发常为1个，长期不变或不断增多，邻近者互相融合，有时可自身接种。
标本兼治---HFP免疫抗原修复疗法，内服外用彻底清除扁平疣
HFP免疫抗原修复疗法抓住扁平疣发病机理，使得治疗扁平疣并不是难事，98%以上患者均可康复。HFP免疫抗原修复疗法强调个体化治疗。不同情况的患者不同施治。
现代中医治疗扁平疣已经不是单纯依靠内服中药的力量，而是同时结合了外用中药进行治疗。外用中药具有使用方便，见效快，无副作用，不留任何瘢痕和色素沉着等特点。已经成为现在绿色治疗扁平疣的科学方法。外用药物治疗扁平疣的机理包括两个方面：一是使局部疣体蛋白脱水、变性、坏死、结痂脱落;二是增强了局部细胞免疫功能。同时配合HFP高频脉冲，中西结合，恢复更快。
内服中药治疗扁平疣宜采取清热利湿、活血化瘀、解毒散结的方法。中药外擦可疏通经络，改善局部血液循环，有利于药物渗透吸收，其本身亦有不同程度的抑菌杀菌作用。结合中药熏洗也可起到清热解毒、燥湿散结、补血活血、祛风止痒作用。
