(一)西药治疗
1、目前对四环素、强力霉素、红霉素已有不少菌株产生耐药。新一代合成抗菌药喹诺酮类，不但对衣原体、支原体有效，对淋球菌也高度敏感。
2、磺胺、利福平对衣原体有效，对支原体无效。
3、庆大霉素、新霉素、多粘菌素对衣原体无效。
4、链霉素、壮观霉素对衣原体无效，对支原体有效。
5、四环素0.5g，4/d，共用7d，改0.25g,4/d，共用14d。
6、强力霉素0.1g，2/d，共用7d。
7、红霉素硬脂酸盐0.5g，4/d，共有7d。
8、红霉素琥珀酸乙酯0.8g，4/d，共用7d。
9、美满霉素0.2g即刻，0.1g，2/d，共用14d。
(二)中药治疗
针对非淋菌性尿道炎的病因、病机，中药治疗药物应该以清热解毒，利湿通淋为主，辅以补肾固本，活血化瘀，扶正祛邪，提高机体免疫力为组方之法，如选用道地优质中草药精制而成的银花泌炎灵片等。主治热淋下焦湿热证，对尿频、尿急、尿涩痛、尿短赤、尿淋沥，尿赤黄、腰痛、腹胀痛等疗效显著。
非淋菌性尿道炎泌尿系感染常见致病菌有金葡菌，而由于金葡菌的耐药率高达62%，使得西药抗生素以及部分中药对该菌引起感染的治疗束手无策。纯天然植物道地取材大复方中成药，以“清热解毒之冠”而著称的道地药材金银花为君药配伍，主要成分共计十味名贵药材，利用金银花、半枝莲、扁蓄、瞿麦、石韦、川木通、车前子、淡竹叶、桑寄生、灯心草的多靶点协同作用，对金葡菌杀菌活性明显提高，对金葡菌敏感度及抑菌效果更强。
其临床治疗金葡菌引起的非淋菌性尿道炎疗效更显著，作用更稳定。
