现代医学认为：倘若睾丸生长良好，内分泌功能无异常，单纯阴茎长得短小(小于5厘米)，并不妨碍性生活。因为从男子来说，即使阴茎短小些，但勃起功能依然很好，能完成性生活，并能生儿育女。从女方来说，女性的阴道伸缩能力很强，能适应大小不同的阴茎。阴道的神经末梢全部集中在外1/3段，而内2/3段，在性反应中充分扩张而且缺乏足够的神经末梢，所以说阴茎的大小对女方的感受来说意义不大。
阴茎真正短小的概念：①长度：青春期前短于2.5厘米，青春期短于5厘米。周长：青春潮前小于1厘米，青春期小于7.5厘米。②第二性征发育不良：如声带、胡须、胶毛、阴毛、喉核等。③性器官发育不正常，性功能障碍，无勃起功能，无精子，无生育能力。具备以上几点才算是真正的阴茎短小。
阴茎短小是下丘脑垂体发育慢，睾酮水平低。阴茎的分化、发育全靠体内的睾酮水平。如果母体妊娠第6-9个月期间，睾酮分泌严重不足，胎儿阴茎发育低于正常速度，出生时阴茎便会较小。
