虽然男性较少会因为感染衣原体而出现并发症，但如果不加治理，病菌可能会令睾丸发炎疼痛，因而导致不育。若女性染有衣原体而处理不善，病菌可令盘腔发炎，引致不育。病菌又可以由孕妇传染给胎儿，令胎儿的眼睛或肺部受到感染。男女患有衣原体，可引致眼睛炎、关节炎及尿道发炎综合症。
发病率数据还未包括许多无症状性衣原体感染。在西方估计有25-30%的男性衣原体感染尿道炎是无症状或亚临床的，而70-80%的女性衣原体感染宫颈炎亦是如此。对这么大量的匿性传染贮源必须予以治疗并且根治，以杜绝感柒在社区中的传播。
女性中隐匿性宫颈炎可以上行到上生殖道而导致并发症。的确，衣原体性内膜和输卵管感染很大部分是亚临床的。隐匿性输卵管感染据认为是输卵管性不孕症的最常见病因，在北欧和美国已得到有关数据的证实。衣原体在输卵管性不孕症中的作用，可以从先前感染史中得到证实。许多研究表明，在有输卵管疾病的不孕妇女中，血清抗原阳性率最着高于输卵管无损伤的妇女。
虽然在输卵管活检标本中很少分离到衣原体，但衣原体抗原和核酸检查却己证实内膜组织中存在衣原体。在这些培养阴性但抗原阳性的病例中，输卵管慢性炎症不可能是由于先前已经根治的感染所遗留的非复制性抗原所造成的。更有可能的是衣原体以非培养的形态残留于组织中，但仍具有活性并且能诱发免疫病理变化。
