治疗UTI要依据某些重要的临床药理学原理，合理应用抗生素。浅表黏膜感染如膀胱炎，尿路抗生素易达到有效浓度，即易治愈，血药浓度相对不那么重要。因此，青霉素不能用于尿路以外的大肠埃希杆菌和变形杆菌感染，而对由这些细菌引起的膀胱炎有效。同样，四环素在尿路可达有效抗菌浓度，在血清及组织中却不能，可用于治疗耐药的革兰阴性杆菌的感染，包括深部组织感染，肾脏、前列腺感染，同样感染的部位也需要有效的药物浓度。另外，有效血药浓度亦有益，主张用杀菌剂效果较抑菌剂好或两药联用，而不主张单个药物治疗。这些看法是否正确仍无定论，但在研究肾盂肾炎的实验模型中证实，立即减少肾内浓度与迅速得到有效抗菌治疗，对预防肾盂瘢痕形成同样重要，应特别的重视。
治疗UTI的目的是预防或治疗全身败血症，减轻症状，清除被隔离的感染灶，消除来自肠道及阴道菌群的尿路病原体，预防长期并发症，并应做到费用最低，副作用最少，耐药菌群产生的可能性最小。选择不同的药物治疗不同的UTI可获得达到上述目的最佳效果。常见尿路感染的治疗如下：
1.年轻女性的急性非复杂性膀胱炎 健康经产妇患有症状性下尿路感染(如排尿困难、尿频、尿急、夜尿、耻骨联合上区不适)，而无阴道炎的症状及体征(阴道分泌物臭味、外阴瘙痒、性交痛、只有排尿困难而无尿频及外阴阴道炎)者，其治疗应注意两点：
(1)清除下尿路浅表黏膜的感染。
(2)清除来自阴道及下消化道的尿路病原体。
