有人认为红斑狼疮的发病与某些病毒(特别慢病毒)感染有关。人们曾在红斑狼疮模型小鼠组织中分离出 C型病毒抗体。特别是在红斑狼疮患者的肾小球内皮细胞浆，血管内皮细胞皮损中都可发现类似包涵体的物质，同时患者血清抗体滴度增高。尤其对麻疹病毒，副流感病毒I、II型，EB病毒，风疹病毒等。另外在患者的血清中，有抗RNA抗体及抗双链DNA等抗体存在。
然而这些包涵体类物质只有在被病毒感染的组织中才能找到，在电镜下观察这些包涵体样物质呈小管网状结构。但这些包涵体样物质也能在皮肌炎，硬皮病，急性硬化性全脑炎中见到，有人曾企图从有包涵体样物质的组织中把病毒分离出来，但没有获得成功。所以直到现在还没有发现在人类红斑狼疮发病中与任何病原体有直接关系。
人们猜想，病原体可能只是作为B淋巴细胞的一种刺激因素，促发了本病。 尽管如此，在临床工作中我们确实发现，无论是细菌感染还是病毒感染都能使狼疮患者的症状加重或使原来处于缓解期的患者再次复发。因此积极预防并治疗感染，是控制狼疮活动的重要环节，红斑狼疮患者，在平常更应注意防止一切感染，以使病情趋于稳定。
