部分女性在服用避孕药后可出现头晕、恶心、月经紊乱、皮肤变差等副作用，而避孕药副作用持续的时间因人而异，一般来说，常规避孕药如长效避孕药、短效避孕药副作用可持续2-3个周期，紧急避孕药可导致三个月的月经紊乱。
常规避孕药的副作用较紧急避孕药低，但服用过多或不合理服用的话也可严重影响到女性的健康，部分女性服药后的副作用持续时间长，甚至出现不孕不育的严重后果。
紧急避孕药一年内不宜服用超过三次，该药除了容易导致常见的副作用外，还可出现肠胃不适、头痛、乳房压痛、体重微增、神经紧张、情绪低潮等副作用。部分副作用可在服药24小时后消失，但有一些副作用会持续三个月的时间，甚至影响生育能力。所以在服用紧急避孕药时要按规定服用，如果副作用的时间持续过长，可在医生的建议下服用孕激素类药物或注射黄体酮等激素来缓解。
