1、如果患者反复发作，应警惕并发症，如前列腺炎等，应做相应的细菌学查，并及时治疗。
2、非淋菌性尿道炎的治疗时不应滥用抗生素，如绝大多数青霉素药物对衣原体、支原体均无效，一般不应使用。
3、性伴侣如有感染应同时治疗，治疗期间不许饮酒，若证实为沙眼衣原体尿道炎患者，再次把尿道炎的治疗疗程延长到4—6周可效。
4、临床表现与非淋菌性尿道炎的症状不相符合，且化验没有查出病原体，考虑是否为神经过敏症，此时要解释、安慰并使用安静药物。
5、若为滴虫、霉菌或其他少见病，北京466医院妇科专家指出尤其是霉菌性尿道炎的治疗，不能一味加用素，否则对患者危害更大，应查清后对症治疗。
6、患者是否按时、按量治疗。因为非淋菌性尿道炎的治疗不同于淋病能做到短期足量治疗，而且服药次数多，持续时间长，尿道炎的治疗中容易因公因事而忘记服药，或者1~2天后基本消失而停服，影响疗效或复发。
7、未经治愈与性伴侣性交，病菌由未经治疗的性伴侣再次传给患者。须知有40%的非淋菌性尿道炎患者是没有任何症状。所以不但患者本身要治疗，其性伴侣也应接受预防性的药物治疗。尿道炎的治疗方法与患者相同。
