1、全身性感染性疾病。有些尿路感染的局部症状不明显而全身急性感染症状称突出，容易误诊为流感、疟疾、败血症、伤寒等发热性疾病。如能详细了解病史，注意下尿路感染的症状和肾区叩诊，并作尿沉渣和细菌学检查，不难鉴别。
2.慢性肾盂肾炎。应与复发性尿路感染相鉴别，目前认为局灶性粗糙的肾皮质瘢痕，影像学上有相应的肾萼变形，可诊断为慢性肾盂肾炎，否则有长期尿路感染史不能诊断为本病。慢性肾盂肾炎很少在没有尿路并发症的情况下发生，只在有尿路功能性或器质性梗阻的情况下发生。尿路功能性梗阻常见于膀胱-输尿管反流，而器质性梗阻则多见于肾结石等。
3、肾结核。本病以尿频、尿急、尿痛较为突出，一般抗菌药物治疗无效，晨尿培养结核分枝杆菌阳性，尿沉渣中可发现抗酸杆菌，而普通细菌培养为阴性。结核菌素试验阳性，血清中结核分枝杆菌抗体阳性。静脉肾盂造影可发现肾结核病变的X线征象，有些病人可能有肾外结核，如肺部和附睾，可加以区别。然而，需要注意的是，肾结核常常可以与尿路感染并存。对于用抗菌药物治疗尿路感染后有残余尿路感染症状或尿沉渣异常的患者，应高度注意肾结核的可能性。
4.尿道综合征。患者有尿频、尿急、尿痛等症状，但经多次检查无真正的细菌尿，可予以鉴别。UTI综合征可分为。① 感染性UTI综合征：约75%的病人有白细胞尿，由病原微生物引起，如衣原体和支原体感染。该综合征的病因尚不清楚，有人认为可能是由于焦虑的精神状态所致。
