晚期如果不治疗，只是做好日常的护理，平均寿命只有3-6个月。国内有资料显示：自出现低浓度AFP至亚临床肝癌(早期)确诊;自亚临床期至出现临床症状 (中期);自有临床症状至黄疸、腹水或远处转移或恶液质(晚期);自晚期至死亡，其中间隔时间分别为10个月、7个月、4个月、2个月。因此其自然病程大约为24个月。影响肝癌预后的主要因素就是高复发率，研究表明，肝癌术后5年的复发率可以高达75%以上。肝癌的复发大多数在术后一年内。
肝癌如果小于2公分，可以切除做根治手术，文献报道其5年生存率多在50%左右，癌症结节越小，生存率越高，部分极早期患者甚至可以达到根治。根据上海东方肝胆外科医院统计，自1999—2003年共进行了6446例肝癌手术切除，病人1、3、5年生存率分别为85. 9%、64. 6%和53. 2%。如果已经发展到晚期或是患者不能耐受手术，只能采用化疗或放疗，平均寿命多不到2年。经过统计，肝癌从诊断开始，80%患者已经失去了手术机会。
