1、卵巢过度刺激综合征：由于人工授精前要促排卵治疗，所以可能发生卵巢过度刺激综合征。
2、可能会出现异常的妊娠结局：人工授精的多胎妊娠发生率可达20%，宫外孕约2% ~8%，自然流产率为20% ~30%。
3、可能出现盆腔感染：由于要用细管将优化的精液打入子宫，会增加子宫及输卵管感染的机会。操纵时会带入细菌，处理精液时也可能导致细菌污染。
4、出血和损伤：多因宫腔插管困难或操纵粗暴所致，所以首先选择软硬适度的授精管，操纵者做到轻、稳、准，避免损伤宫颈管及子宫内膜造成出血，以免影响授精效果。
5、下腹疼痛：夫妇间新鲜精液人工授精时注入精液过快、过量，尤其是注入宫颈内精液，可诱发下腹痉挛性疼痛。
6、人工授精的成功率并不很高，只有40%的母亲成功怀孕，能生下孩子的比例仅在10%到15%之间。
除此之外，谁才是孩子真正的爸爸，法律规定妻子的丈夫是孩子的爸爸，但是捐精者是孩子遗传上的爸爸。这对于要进行人工授精的妻子和丈夫一场严重的心理考验，这同样也是人工授精的弊端，必须要进行周密的考虑后，才可以决定是否有必要进行人工授精。
