1)局部损伤。小而活动度大的结石，对局部组织的损伤很轻，大而固定的鹿角状结石可使肾盏、肾盂上皮细胞脱落，出现溃疡、纤维组织增生、中性粒细胞和淋巴细胞浸润，以致纤维化。移行上皮细胞长期受结石刺激后，可发生鳞状上皮细胞化生、甚至可引起鳞状上皮细胞癌，因此应做尿脱落细胞学检查。
2)肾脏受损。如果任凭结石发展，最后可会发展为肾脏功能衰竭，即常说的尿毒症。其次，输尿管结石如果堵塞输尿管后，肾脏内的尿液不能顺利排出，就会导致肾脏积水，尿液长期积存在肾脏内，继发感染，甚至出现尿毒症，威胁患者生命。
3)尿路感染。这是肾结石最常见的继发损害，也是继发肾损害的主要原因。肾结石致泌尿系管腔内堵塞可造成梗阻部位以上的积水。肾结石造成肾盂积水过久，排尿受阻，梗阻以上部位承受压力过大，肾脏血流减少，可发生肾小管变性、坏死，肾萎缩变小，使肾功能下降或完全失效。
