(1)内分泌系统有问题影响排卵：某些遗传性或先天性疾病引起卵巢不发育或发育不良而致卵巢中无正常卵泡发育，或卵巢中虽有卵泡发育，但由于内分泌系统紊乱而使卵泡不能发育成熟或排卵。卵巢的功能是受下丘脑、垂体和大脑皮质的功能所左右，如果上述各部位功能失调均可造成卵巢功能紊乱和排卵障碍，如温度、焦虑、忧伤、高度精神紧张、环境突然改变、营养不良等全身性疾病均可导致下丘脑—垂体—卵巢轴的功能紊乱而抑制排卵造成不孕。另外，体内其他内分泌腺如甲状腺、肾上腺、胰腺等功能失调亦会影响卵巢排卵和黄体形成而致不孕。
(2)精子和卵子结合时遇到了机械性屏障：女性不孕症约有40%为精子与卵子结合障碍所致，障碍主要是生殖道阻塞，如先天性无孔处女膜，先天性无阴道使性交活动受碍，子宫、输卵管畸形，输卵管炎症阻塞以及生殖道本身或生殖道以外的肿瘤压迫使生殖管道解剖改变，均可阻碍精卵结合。而造成精卵结合障碍的原因中，以盆腔炎及子宫内膜异位症所致的输卵管阻塞和粘连为主要原因，计划生育等宫腔手术造成的宫腔粘连也是影响精卵结合的原因之一。
(3)宫颈和子宫的结构或功能有问题：宫颈因素也是不孕症的较为重要原因之一，占女性不孕的10%～20%。宫颈中重度糜烂、息肉、宫颈裂伤、闭锁、位置异常及排卵期缺乏应有的宫颈黏液变化(稀薄而透明的变化，pH在7.2～7.5)，均可影响精子的活动力和穿透宫颈的能力，使精卵结合受阻。
