1、胃肠道出血：可表现为呕血或便血，并伴有缺铁性贫血，发生率约为45%，其出血来源为食道炎和食道溃疡。
2、食道溃疡：食道引起溃疡的发病率为2%～54%，食道柱状上皮受酸性消化液腐蚀后可以发生溃疡，出现类似胃溃疡的症状，疼痛可放射至背部，并可引起穿孔、出血、浸润、溃疡愈合后发生狭窄，出现下咽不畅的症状。甚至可穿透主动脉导致大出血而迅速致死。
3、食道恶变食道中发生癌肿的发生率不甚确切，长期反流物进入Barrett食道可能起恶变作用。Barrett食道的柱状上皮区内可以发生异型增生，有时低度异型增生不易与正常柱状上皮区别，并可进展至浸润癌。这些恶变的肿瘤系腺癌。Barrett食道的异型增生是癌前期状况已为多数人公认。
4、食道狭窄：食道狭窄是Barrett食道最常见的并发症，发生率为15%～100%。狭窄部位多于食道中上段的鳞-柱状上皮交界处，而胃食道反流引起的狭窄多位于食道下段。反流性食道炎的发生率为29%～82%。病变可单独累及柱状上皮，也可同时累及鳞状和柱状上皮。
