1.积极治疗支原体感染。预防任何一种疾病都要找到源头，预防支原体感染还需要对患者进行全面的治疗，尤其性/伴侣患者的治疗。对于支原体患者，在西医抗生素久治不愈时，不妨试试中药的治疗，这里男性患者可以选用中药利尿消炎丸，女性患者可以选择中药妇炎丸，做到夫妻间的同时治疗。
2.全面消毒。这是对于曾经感染过支原体的患者来说的。支原体并不可怕，它对热抵抗力差，通常55℃经15分钟处理可使之灭活。常规的消毒液都能杀灭。所以要求感染过支原体的患者及时对自己的衣物和洗具进行消毒。对于一些日常用品，一定不能共用，以免造成病原体大范围传播。
3.增强抵抗力，不滥用抗生素。过量使用抗生素而常常使机体菌群失衡。医学上所说的“菌群平衡”是指人体内生活着一些微生物，包括衣原体和支原体，彼此之间达到一种平衡，使得相互的数量受到控制，不至于对人体造成影响。如果滥用抗生素，破坏了原有的“菌群平衡”，反而会出现让某些微生物的数量剧增，支原体尿路感染发生。
4.加强营养。这也是增强自身抵抗力的前提，只有营养充足，身体才会健康。多吃蔬菜水果，补充蛋白质，均衡饮食。
