1.慢性细菌性痢疾：表现为慢性腹泻或粘液脓血便，但常有急性菌痢史。从粪便、盲肠拭子或结肠镜检查时所取得的渗出物进行培养，可分离出痢疾杆菌。
2.慢性阿米巴肠病：往往有到疫地史，病变以右侧结肠为主，结肠镜下可见粘膜溃疡，溃疡边缘为潜行性，介于溃疡之间的结肠粘膜正常，粪便中可找到溶组阿米巴包囊或滋养体，用抗阿米巴药物治疗有效。
3.血吸虫病：也可有慢性腹泻腹痛，但有到流行区与疫水接触史，粪便可检出血吸虫卵或孵化毛蚴阳性。结肠镜下，可见到粘膜下黄色颗粒等典型表现，盲肠或乙状结肠粘膜活组织检杏可找到虫卵。此外病人往往有肝脾肿大，病情重者可出现腹水，有效的抗血吸虫治疗后症状好转。
4.克隆病(crohn氏病)：病变范围广，自食管至肛门的胃肠道均可发生病变，以末断回肠及右半结肠多见。临床表现可酷似溃结，但往往无血便，以腹痛、粘液便为多见，也可出现肠梗阻。病变呈节段性，病灶间的粘膜正常，纤维肠镜检查可明确诊断。克隆病和溃结统称为炎症性肠病，两病的病变和临床表现有不同，但治疗用药是相似的。
