HPV疫苗分为预防型和治疗型疫苗。
1.目前有两种类型的预防性疫苗，一种是默克公司生产的四价疫苗（针对HPV 6、11、16和18型），另一种是二价疫苗（针对HPV 16和18型）
预防性疫苗对HPV暴露的高风险人群非常有益，可以防止感染和再感染。在不同的临床试验中，该疫苗已被证明对HPV相关类型引起的宫颈和阴道外阴的肿瘤和癌前病变提供95%以上的保护。
该疫苗目前在全世界100多个国家使用，在美国和大多数欧洲国家是免费的。世卫组织已批准HPV疫苗进入发展中国家，并进行适当的质量预审，在中国香港和中国台湾地区是自费的，目前还没有批准在中国大陆使用。预防性疫苗对已建立的感染相关病变没有治疗作用，因为在HPV感染相关的癌前病变和恶性肿瘤细胞中，病毒序列往往以整合形式存在，晚期蛋白基因往往被破坏和丢失，使得晚期蛋白的检测变得困难。
默克公司正在研究第二代预防疫苗，它可以覆盖更广泛的HPV类型。当HPV16和18型被抑制后，其他HPV致癌型会不会重新出现，取代原来的HPV16和18型，再次成为世界上流行的HPV致癌型，所以我们仍然需要筛查其他HPV型。
因为现在对HPV疫苗进行临床评估的有效终点是宫颈上皮内瘤变（CIN1I/III）和原位腺癌（AIS），所以目前HPV疫苗的免疫原性、交叉保护、病毒变异和对特定HPV类型的保护时间仍然需要密切监测。
而当预防性疫苗被大规模推广时，需要提高人群的认知度，并重新评估疫苗的安全性。
2.治疗性疫苗能引起特定的细胞免疫，从而阻止病变的发展，清除病变甚至恶性肿瘤
治疗性疫苗主要是针对感染相关病变细胞中的高水平E6和E7蛋白进行。主要目的是诱导产生对癌症蛋白的特异性细胞免疫反应，现有的治疗性疫苗研究通常以E6 , E7蛋白为基础，有各种形式，包括病毒/细菌载体疫苗、肽或蛋白疫苗和DNA疫苗。由于肿瘤免疫治疗的复杂性，目前还没有有效的治疗性疫苗。
