本病的病因尚不清楚，可能与遗传有关，为常染色体显性遗传。在胚胎发育过程中，黑素细胞从神经嵴迁移到表皮，由于某种原因未能通过表皮-真皮交界处，而留在真皮中并形成病变。而一些研究表明，这可能不是残留的黑色素细胞，而是类似于蓝痣的错位或痣状损害。
大多数太田痣的病变分布在三叉神经第一和第二分支的区域。该病沿周围神经分布，表明黑色素细胞可能来自周围神经组织。太田痣的发生可能是由于一些黑素细胞向表皮移动时没有穿过真皮和表皮的交界处，而是长期停留在真皮内或真皮以下。真皮中部的黑色素细胞含有不同数量的黑色素颗粒，散落在真皮胶原纤维之间。在轻微隆起和浸润的色素斑中，黑色素细胞的数量较多，与蓝斑痣相似，尤其是在结节状损害区，不能与蓝斑痣区别。黑色素细胞的浸润也可出现在眼睛的深层结构中，包括眼眶骨膜。
但太田痣无论何时形成，其性质都是一样的，没有什么不同。对于那些在出生时或出生后不久形成太田痣的患者，通常在4-5岁左右和12-14岁时各波动一次，也就是说，在这一时期，太田痣会变大一点或变深一点，以后则比较稳定。太田痣的颜色会随着季节的变化而变化，如夏季较深，冬季较浅，情绪对颜色也有影响。
太田痣的治疗是以美容为目的，其原则应该是去除病变部位的色素，不留疤痕，不引起色素沉着或脱落。以往各种治疗方法，如干冰压迫法、液氮冷冻法、皮肤磨削法、皮肤种植法、皮肤剥脱法、C02激光治疗，甚至放射性核素治疗等，都可以减少皮损的色素，但很难获得彻底治愈，而且容易引起瘢痕或色素脱失，治疗过程也很痛苦，疗效极不理想。激光治疗太田痣是目前最有效的方法。根据太田痣的颜色，一般需要治疗2-4次左右，间隔时间为2个月。每次的治疗时间大约需要20-30分钟。目前，常用的激光器主要有755nm翠绿宝石激光器、1064nm Nd:YAG激光器、694nm红宝石激光器等。这些激光器都采用Q调制技术。
