1、对于病人来说，感染尖锐湿疣可能存在有3种不同的状态，即肉眼可见向外生长的疣组织;肉眼不能见，只能在显微镜下才能见到有病变的亚临床感染;尚未出现病变，但组织表面携带有病毒，只能用分子杂交技术如多聚酶链反应法才能测出病毒。临床治疗时，医生只能清除掉肉眼能看见的那部分疣组织，其他尖锐湿疣感染状态在治疗后的一段时间里发展成肉眼能见的疣组织。女性生殖道对病征具有隐蔽性的特点，没有得到及时的诊断，往往会长期忍受病痛之苦，造成尖锐湿疣的泛发，如不彻底治疗，危害更大。
2、尖锐湿疣的病变过程主要发生在上皮组织内，病毒也只局限于上皮组织层内，人体皮肤黏膜的免疫系统存在于上皮下的真皮层内，由于上皮组织的基底层的阻隔，真皮内免疫系统不能与表皮内尖锐湿疣病-毒颗粒接触而建立起有效的免疫应答反应，因而使得尖锐湿疣久治不愈，这种情况同样见于青年人面部的扁平疣及手上的寻常疣。
3、再感染，夫妻一方治愈了，而另一方是亚临床感染或病毒携带者，通过性生活又可被传染上，医学上叫作“打乒乓球”状态，导致反复感染。
