恶性肿瘤的发生：肛门、直肠及肛周等部位的巨大生殖器疣是高度进展性肿瘤，具有复发和恶变特性，尤其是向皮肤深层浸润生长时，恶变的可能性更大。
影响胎儿：患此病的孕妇，其生殖器疣病毒可能通过逆行传播，导致腹中胎儿受到感染，影响胎儿的生长，引起早产的情况;也可能在分娩时，经产道将病毒传染给婴儿，造成新生儿的发炎，造成众多不利疾病。
引起并发症：生殖器疣是一种危害性很大的病，一旦没有做准确的治疗，病情控制不佳，可能导致患者出现其他恶劣性的疾病，如男性女性的炎症，癌变等，后果不堪设想，因此一定要做治疗。
机体免疫功能下降：复发率高，采取多种有效治疗措施，仍不能有效控制复发的皮损，可能向恶性化发展。
心理负担：很多人患病都感到十分羞愧，即怕别人的取笑，又担心此病会传染给家人，而且也会害怕无法治愈而使精神紧张和消极，长期下去，抑郁症也很容易发生。
