容易复发，治疗时间长
一般来说，尖锐湿疣复发最常出现于治疗后3个月内，随着时间的延长，病人传染性降低，复发的可能性亦降低。患者经治疗后6个月不复发，就算临床治愈了。如果治疗后一年不复发，那么以后复发的可能性极小，传染的可能性也极小。因此，治疗后的第3个月是道“坎”，在这期间患者要随时去医院检测病情，合理用药，不要盲目地换药。
导致不育，影响家庭和谐
尖锐湿疣彻底治愈后无传染性，不影响怀孕和生育。患者经正规治疗后，如果症状消失，一年后不复发，即可考虑结婚、生育。
难以根治，病情反复发作
尖锐湿疣的病原体为人乳头瘤病毒，它们通常不进入血液，在进入人体后可潜伏于表皮基底层，然后随着表皮复制进入细胞核内，引起细胞的分裂，同时形成临床所见的皮损。治疗后有些患者反复发作，这可能与亚临床感染、潜伏感染或再感染有关，经多次治疗，大都可控制复发，也有少数长期带病毒的患者，经一段时间后，病毒可随机体免疫状态的改善而被抑制乃至消失。
传染性强，可以通过性关系传播
研究证实大于40%的患者配偶同时患有尖锐湿疣，20%—30%患者合并有其他性病，这表明尖锐湿疣主要是通过性关系传播的，但也有相当部分患者的配偶或性伴侣并未发生皮损，这可能与受染者的免疫状况有关。尖锐湿疣患者的1次性接触感染率高达60%，好发于性生活易破损的部位。但是临床上不是所有的接触者都发生尖锐湿疣，这可能与接触的病毒数量和患者病期有关。
