男性尖锐湿疣的治疗必须采用综合治疗：治疗诱因(包皮过长、淋病)、提高机体免疫力、应用抗病毒药物。一般只要坚持规范的综合治疗都可治愈。也可采用物理治疗，如激光、电灼、冷冻等。首先需增强机体免疫力。
1.手术治疗
治疗诱因：包皮过长，淋病。对于单发、面积小的湿疣，可手术切除;对巨大尖锐湿疣，可用Mohs氏手术切除。手术时用冷冻切片检查损害是否切除干净。
2.冷冻疗法
利用-196℃低温的液体氮，采用压冻法治疗尖锐湿疣，促进疣组织坏死脱落。本法适用于数量少，面积小的湿疣。可行1～2次治疗，间隔时间为一周。
3.激光治疗
通常用CO2激光，采用烧灼法治疗尖锐湿疣，本疗法最适用于阴茎或肛周的湿疣。对单发或少量多发湿疣可行一次性治疗，对多发或面积大的湿疣可行2～3次治疗，间隔时间一般为一周。
4.电灼治疗
采用高频电针或电刀切除湿疣。本疗法适用于数量少，面积小的湿疣。
5.微波治疗
采用微波手术治疗，利多卡因局麻，将杆状辐射探头尖端插入尖锐湿疣直达疣体基底，当看到疣体变小、颜色变暗、由软变硬时，则热辐射凝固完成，即可抽出探头。凝固的病灶可以用镊子夹除。为防止复发，可对残存的基底部重复凝固一次。
6.β-射线治疗
该方法疗效好，无痛苦，无损伤，副作用少，复发率低，在临床上有推广价值。
7.药物疗法
(1)足叶草脂 本疗法适用于湿润区域的湿疣，例如发生于包皮过长而未曾作包皮环切手术的龟头湿疣。用20%足叶草脂酊剂涂到皮损处，或用药前先用油质抗菌药膏保护皮损周围的正常皮肤或黏膜，然后再涂药。用药后4～6小时，用30%硼酸水或肥皂水清洗。必要时3天后重复用药。该药是国外用于本病治疗的首选药，一般用一次可愈。
(2)杀病毒药物 目前主要是以大环三萜类为主，其主要治疗的原理为，大环三萜可杀死潜藏在皮肤黏膜中的HPV病毒。此类药物治疗的疗程长，疣体脱落比较慢，但复发率很低。
(3)腐蚀剂或消毒剂 常用30%～50%三氯醋酸，或饱和二氯醋酸，或18%过氧乙酸。用10%水杨酸、冰醋酸或40%甲醛、2%液化酚、75%乙醇蒸馏水100ml混合溶液，点涂局部，用于龟头、肛周湿疣，每日或隔日一次，效果很好。消毒剂可用20%碘酊外涂，或2.5%～5%碘酊注射于疣体基部或用新洁尔灭外涂，或以0.1%～0.2%外敷，后者需配合全身疗法。
(4)抗癌药 ①5-氟尿嘧啶(5-Fu) 2.5%～5%氟尿嘧啶湿敷治疗阴茎、肛周尖锐湿疣。也可用聚乙二醇作基质，加入占其干质5%的5-Fu粉剂制成栓剂，治疗男性尿道内尖锐湿疣。也可用5-Fu基底注射，多者可分批注射。②噻替哌 主要用于5-Fu治疗失败的尿道内尖锐湿疣，副作用有尿道炎。亦可用本品10mg加入10ml生理盐水浸泡患处，治疗男性阴茎、龟头冠状沟湿疣。主要用于经其他方法治疗后，尚有残存疣体或复发者。也可将此溶液再稀释两倍浸泡局部，以预防复发。③秋水仙碱 可用2%～8%的生理盐水溶液外涂，治疗阴茎湿疣，涂后可出现表浅糜烂。
