目前尚不能达到彻底清除病毒、消除复发的效果。生殖器疱疹治疗费用差别很大，无特别的参考意义，如果是反复发作者，治疗费用需要上万。频发复发者则需以较低的剂量服用较长时间的疗程。虽然生殖器疱疹不能根治，但治疗可以缩短病程，减少复发。预防性口服阿昔洛韦(400mg，2次/日)可减少复发，可连续用药5年以上。预防性治疗的复发率比间歇性治疗低。
生殖器疱疹的预防：
ACV有预防作用。在无症状排毒期，阴茎套可能减少疾病的传播，但出现生殖器损害时，使用阴茎套也不能避免传播，此时应避免性生活。患者应注意休息，避免饮酒和过度性生活，出现临床表现时应避免性生活。妊娠期HSV如在分娩前出现病情活动，应行剖宫产。
生殖器疱疹的治疗：
(一)一般治疗
(1)局部止痛可用局麻药物，如5%的盐酸利多卡因软膏，但有些病人仍需口服止痛药。
(2)如有细菌继发感染，则需用适当的抗生素。
(二)药物治疗
1.阿昔洛韦：目前仅有阿昔洛韦一种药确定有效，而其他药物尚在考察阶段。阿昔洛韦是鸟嘌呤的类似物，作用于胸苷酶，是病毒DNA聚合酶的抑制物，同时是链的终止正物，选择性作用于病毒。一般情况下，静脉或口服用药对初发阶段的生殖器疱疹均有效。口服阿昔洛韦对复发的生殖器疱疹可起到预防和治疗的作用。但在阿昔洛韦治疗有效的同时也增加了无症状的病毒排出或看不见的性伴侣传播。
口服(200mg，每天5次，5～10天)和静脉注射阿昔洛韦(5～10mg/kg，1次/8小时，5～7天)治疗初发生殖器疱疹的效果比局部用5%的阿昔洛韦软膏好得多。口服比静脉费用低。对初发性生殖器疱疹来说，任何形式的阿昔洛韦治疗都能使病毒排出加快，皮痂形成时间缩短，皮损愈合时间减少，疼痛减轻，但只有口服或静注用药方可减少尿液异常、生殖器溢液、系统症状及新皮损的出现和发展。曾用过阿昔洛韦治疗的原发生殖器疱疹患者，不影响复发性生殖器疱疹的发展。
局部用药治疗复发的生殖器疱疹几乎无效。然而，口服阿昔洛韦对减少病毒排出时间.减少复发和皮损形成仍有很好的效果，但对局部痛痒无明显效果。治疗开始得越早，对临床症状和病毒学反应的意义越大。在前驱期用药可抑制疾病，使其免于发生。预防性口服阿昔洛韦(400mg，2次/日)可减少复发，安全有效，可连续用药5年以上。预防性治疗的复发率比间歇性治疗低。在预防性治疗期间，无症状的病毒排出仍可发生，使性伴侣感染。
