舌甲状腺一旦确诊后须视对功能的影响来制定治疗方案。小的异位甲状腺对功能影响不大时可不必治疗。较大的，对功能有一定影响的舌甲状腺可先试用药物治疗：可用复方碘溶液(Lugol液);也可用甲状腺素行取代性抑制治疗，均有缩小肿块，缓解症状的效用。
对药物治疗无效，症状明显，大的舌甲状腺则只有采用手术治疗。通常根据颈部有无甲状腺来决定切除量的多少。对颈部尚有甲状腺组织残留的舌副甲状腺可以行全切除术，对颈部无甲状腺组织的舌迷走甲状腺则只能行大部切除术;如必须全切除时，可将切下的甲状腺埋藏在胸锁乳突肌下，或行带蒂转移，后者存活的可能性更大。
舌甲状腺手术的术野暴露比较困难，一般均采用中线切开(包括唇、下颌骨及舌体，可按需要逐次切开)进路;术后应作预防性气管切开术。
约不到1%的舌甲状腺患者可发生腺瘤变或癌变。虽然舌甲状腺的患者女性明显多于男性，但癌变者却以男性为多。为此曾有学者建议对30岁以上的男性舌甲状腺患者应积极行预防性切除手术。根据国内的资料，腺瘤变的患者远多于癌变患者。
舌甲状腺手术后的病员应重复甲状腺功能检查，对甲状腺功能低下者应常规服用甲状腺素。
