1、先天的发育不良
由先天发育不良可产生多种疾病，对于囊肿性肾病而言，主要可造成髓质海绵肾、发育不良性多囊肾病等，先天发育异常的基因一般没有异常，因此它与基因遗传或基因突变是有区别的。
2、基因突变(非遗传)
对于多囊肾病来说，大多是通过父母基因遗传的，分为常染色体显性遗传和常染色体隐性遗传，但也有的多囊肾患者既非父母遗传，也不属于先天发育不良性多囊肾病，而是胚胎形成时的基因突变。在胚胎形成过程中，由于各种因素的作用，使基因发生了突变形成了多囊肾病，此种情况虽然很少见，但还是可以发生的，因此，有些多囊肾患者可以没有父母遗传史。
3、饮食
肾囊肿是什么原因引起的?可能大家都不知道，不良的饮食习惯可能造成很多疾病的产生，当然也是囊肿病产生、发展变化的重要因素。
4、毒素
毒素作用于人体，可使各种细胞组织器官造成损伤，从而发生疾病，甚至危及生命，并且也是产生基因突变、先天发育异常等现象的主要原因之一。常见的毒素诸如农药、某些化学药剂、放射线、污染等等。尤其需要指出，一些药物也具有肾毒性，若使用不当则易造成肾损害，这些药物包括：卡那霉素、庆大霉素、磺胺类、利福平、消炎痛、等西药，以及马钱子等中药。
5、各种感染
感染可使机体内环境发生异常变化，从而产生有利于囊肿基因发生变化的环境条件，使囊肿的内部因素活性增强，这样便可促进囊肿的生成、长大;而身体任何部位的任何感染，又会通过血液进入肾脏从而影响囊肿，如囊肿发生感染，则除了使临床症状加剧外，还会促使囊肿进一步加快生长速度，并使肾功能损害加重等。常见的感染有上呼吸道感染(包括感冒)、尿路感染、肠胃道感染、皮肤感染、外伤感染、器械感染等等，即不管是细菌感染还是病毒感染，均可对囊肿产生很大影响。
6、情绪因素
肾囊肿是什么原因引起的?现代医学研究证明：不良的情绪变化可使人体的神经及内分泌失调，从而通过神经体液作用改变人体的内环境。内环境的异常则又对囊肿造成了影响。而且不良的情绪还可使人的免疫力降低，从而有利于病菌和病毒的侵袭，从而又使囊肿受到影响。大量的临床实践证明，不良的情绪可使病情加重，特别是囊肿性疾病，而调摄心情，不悲不躁，则病情常可逐步好转。
7、劳逸失宜
(1)劳力过度，即较长时间的过度用力或剧烈运动则易积劳成疾。
(2)劳神过度：即思虑太过，心理压力过大，思想负担过重。
(3)房劳过度，即性生活不节制，房事过度。这些都与健康不利，当然也影响到囊肿性疾病的变化。此外，过度安逸，即过度安闲、不参加劳动、又不运动则又易使人体气血不畅从而引发他病，也就是“久卧伤气”的道理。
