1、痛经和持续下腹痛。痛经是子宫内膜异位症的典型症状，且多随局部病变加重而逐年加剧，疼痛多位于下腹部及腰骶部，可能放射至阴道、会阴、肛门或大腿，常于月经来潮前1—2日开始，经期第一日最剧，以后逐渐减轻，至月经干净时消失。疼痛的程度与病灶大小并不一定成正比，病变严重者如较大的卵巢子宫内膜异位囊肿可能疼痛较轻，而散在的盆腔腹膜上的小结节病灶反可导致剧烈痛经。少数晚期患者有长期下腹痛，至经期更剧。
2、月经失调。约15%的患者有经量增多或经期延长，少数可出现经前点滴出血。
3、不孕。正常妇女不孕率约为15%，子宫内膜异位症患者可高达40%。
4、性交痛。一般表现为深部性交痛，多见于直肠子宫凹陷有异位病灶或因病变导致子宫后倾固定的患者，且以月经来潮前性交痛更为明显。
5、其他特殊症状。少数患者可出现周期性(月经期)便血，尿急，尿频，血尿，手术瘢痕上包块的疼痛，此为内膜异位侵犯消化道、泌尿道及手术瘢痕等所引起。
虽然子宫内膜异位有千差万别的临床症状，但其主要症状是痛经、不孕和性交疼痛。这三个问题深入女性的日常生活，甚至影响婚姻质量，不可小觑。年轻女性，假如痛经很厉害，或月经异常，那么就应该有所警惕，该检查一下是不是由子宫内膜异位引起的，因为这种病就像青春痘一样，防不胜防。
研究发现，子宫内膜异位有明显的遗传倾向，家里有妈妈或姐妹患子宫内膜异位的女性，得这种疾病的机会比一般人高出7倍。因此，有妈妈或姐妹患严重痛经或疑患有子宫内膜异位症的女性，该主动去检查，以利早期发现，掌握治疗的先机。
