对尖锐湿疣的内治，主要是提高机体的免疫力和抗病毒两个方面。西医一般可予聚肌胞注射液2mL，肌注，隔日1次。或干扰素100～300万单位，肌注，每周3次。前者可诱导机体产生干扰素，而干扰素具有抗病毒、抗增殖的作用。在临床中发现，α-2b干扰素的副作用相对较小，疗效也不错。另据其它专家的研究，治疗尖锐湿疣的不良反应较其他型干扰素轻。由沈阳三生挑起，现在干扰素正在进行价格战，价格跌幅超过50%，其应用将会越来越普及。
外治的方法很多，有药物治疗、冷冻治疗、激光治疗、微波治疗、电烧治疗、手术治疗等。药物治疗方便，易于操作，但一般需要重复数次，而且有些药物，如三氯醋酸，有灼伤粘膜的可能。
传统的物理尖锐湿疣的治疗方法，如冷冻，激光，电烙，手术等，仅仅能够破坏疣体表面组织，术后必须另外进行抗病毒治疗，患者痛苦大，治疗时间长，费用昂贵，也容易因为人体自身免疫能力下降而反复发作。资料显示表明，如果单纯采用激光等方法治疗，47.5%的病人在七天以后即复发，并留下巴痕，影响愈后正常的夫妻生活，给患者带来长期的精神痛苦。三氮醋酸，或其他腐蚀性及强的化合物，以单纯腐蚀消除疣体为目的。虽然见效快，价格低廉，但与物理治疗方法一样，虽然能在短时间内消除疣体，但治标不治本，极易复法。
口腔感染尖锐湿疣的治疗主要是以外治为主，内治为辅。外治的方法很多，有药物治疗、冷冻治疗、激光治疗、微波治疗、电烧治疗、手术治疗等。药物治疗方便，易于操作，但一般需要重复数次，而且有些药物，如三氯醋酸，对于口腔感染尖锐湿疣有灼伤粘膜的可能。药物治疗是较小较少的损害。5-Fu是一种常用的抗肿瘤药物，它能抑制细胞的增殖，力量较为温和，一般需治疗2～3周。
