宫颈尖锐湿疣：对宫颈外生性疣的患者，在开始治疗之前，需要确定 HPV 型别、明确 CIN 的等级、行脱落细胞学检查并且活检了解病灶是否存在癌变情况。宫颈外生性疣应请妇科专家会诊。确诊的低危型宫颈尖锐湿疣可采用 CO2 激光、微波等治疗方法，也可用 30%-50% 三氯醋酸溶液治疗。
阴道尖锐湿疣：液氮冷冻治疗(不推荐用冷探头，因可能有阴道穿孔及瘘管形成的危险)，也可选择高频电刀、C〇2 激光、微波等治疗方法。
尿道尖锐湿疣：液氮冷冻治疗或 10%-25% 鬼臼树脂安息香酊。疣体涂药，待其干燥，然后才能与正常黏膜接触。如有必要，1 周重复 1 次。尽管对应用鬼臼毒素和咪喹莫特治疗尿道口远端疣的评估资料有限，一些专家还是主张在一些患者中应用这种治疗。光动力疗法在尿道尖锐湿疣的治疗上有独特的效果已被国内多项实验所证实。
肛周疣：液氮冷冻治疗，或 30%-50% 三氯醋酸：只在疣体上涂少量药液，待其干燥时可见表面形成一层白霜，然后用或酸或液体中的酸液。有要，1-2 周后重复 1 次，最多 6 次。手术治疗：部分肛周疣的患者同时伴有直肠疣，应进行直肠指检和(或)肛镜检查。直肠疣的处理应请肛肠科专家会诊。
光动力疗法：单个疣体直径<0.5cm，疣体团块直径<1cm 者可直接采用光动力疗法治疗，超出以上疣体大小建议采用其他物理疗法联合光动力疗法治疗，合并有直肠疣时可单独采用光动力疗法配合柱状光源或采用物理方法联合光动力疗法治疗。
肛门内疣：需性病和肛肠专科医生共同诊疗。肛门部疣有时伴发直肠黏膜疣，对肛门部疣的患者应常规检查直肠黏膜，可采用肛门指诊、常规肛镜、高分辨肛镜。
巨大尖锐湿疣：多采用联合治疗方案。在治疗前需做病理活检明确组织是否发生癌变。首要的治疗是去除疣体，可以选择手术或者高频电刀切除疣体，然后配合光动力治疗或外用药物治疗。
亚临床感染：对于无症状的亚临床感染尚无有效的处理方法，一般也不推荐治疗，因为尚无有效方法将 HPV 清除出感染细胞，且过度治疗反而引起潜在不良后果。处理以密切随访及预防传染他人为主。对于醋酸白试验阳性的可疑感染部位，可视具体情况给予相应治疗(如激光、冷冻)。有研究提示，光动力疗法可能对亚临床感染有效。
