1、一般治疗：小范围浅表处皮肤黏膜的单纯疱疹病损可仅采用局部用药抗感染治疗，对症状较重，尤其重要脏器受累的患者则应给予全身性抗感染用药及相应的对症支持治疗，肠溶阿司匹林口服可用于皮肤黏膜疱疹部位疼痛显著者，生殖器疱疹患病期间应禁止性生活，对某些患者而言，应与易感人群实行必要的隔离。
2、抗感染治疗：浅表处的疱疹病损可以局部用药，例如3%阿昔洛韦软膏或0.5%碘苷 (idoxuridine)软膏涂搽患部，疑有细菌性感染者，可外用金霉素或新霉素软膏，中药藤黄系藤黄科植物分泌的一种干燥胶质树脂，具有抗疱疹病毒，抗菌消炎，止痛收敛等作用，据报告，以30%藤黄酊1次/d或2次/d外搽患部，对于生殖器疱疹的浅表处病损有较好的疗效，由于眼部疱疹可能造成严重后果，故应积极治疗;采用0.1%碘苷滴眼液滴眼，1次/h，病情缓解后可延长给药间歇， 病损面积较大者也可外用3%硼酸湿敷局部。
对病情较重者或局部用药难于奏效者，应采用口服或注射途径进行抗病毒药物的全身性用药：反复发作的生殖器疱疹患者可口服阿昔洛韦200mg/次，5次/d，共7天;也可口服盐酸伐昔洛韦300mg/次，2次/d，共7天，个别病例可能对阿昔洛韦过敏，应予注意。
伐昔洛韦口服后能迅速被吸收，在体内转变为阿昔洛韦，其生物利用度是阿昔洛韦的3～4倍，因此，同等疗效下可降低药物用量，减少其不良反应，重症患者应静脉滴注阿昔洛韦5mg/kg体重，1次/8h，共5～7天，用药期间应多饮水，或在必要时予以静脉补液，以避免阿昔洛韦在肾小管内析出结晶，导致肾损害。
亦可用更昔洛韦5mg/kg体重，缓慢静脉滴注，1次/12h，共1～2周，更昔洛韦的不良反应相对较大，可能导致白细胞，血小板数量减少，故用药期间， 应监测血象变化，由于伐昔洛韦是阿昔洛韦的L-缬氨酰酯，更昔洛韦是阿昔洛韦的衍生物，对阿昔洛韦过敏者，禁用此两种药物，此外，也可试用膦甲酸钠，对于较重的患者，尚可联合使用干扰素α。
上述药物的作用靶点是病毒的DNA多聚酶，临床上已发现一些毒株表现出不同程度的耐药性，因此，目前正在开发针对不同靶点的抗病毒新药。
