1、治疗疗程的不确定性：据最新的临床研究表明，乙肝正规的抗病毒治疗往往需要2年以上，甚至更漫长的治疗疗程，且其停药指标也不容易达到。肝病治疗的疗程的不固定性，使得很多肝病患者把乙肝治疗形象的比做"无底洞"。
2、抗病毒治疗的耐药问题：乙肝抗病毒治疗的耐药问题，是所有的核苷(酸)类药物都有的缺点，也是左右治疗费用的关键因素之一。耐药出现后，一般都要考虑换用其他相应的口服药物替代治疗或同一药物加量治疗。这样，无疑为乙友带来了更大的经济负担
3、治疗方法的选择：在目前传统的乙肝治疗方法中，中药保肝、抗病毒、抗纤维化、免疫调节以及对症治疗常常联合应用。甚者，抗病毒治疗药物也在试探性的联合应用。联合治疗有一定的优势，而其最大的缺点就是治疗费用成倍增加。
4、医疗陷阱的诱惑：目前，我国仍然有数以千万计的乙肝病毒携带者，迫于升学、就业和爱情等诸多社会问题的压力，很多乙肝病毒携带者不得不四处求医问药。有甚者更是怀着侥幸心理，去试用一些民间的"偏方"、"秘方"和所谓的"特效药".而结果大都以上当受骗而告终，最后，乙肝不仅没治好，而且还花了不少钱，有的甚至因为长期胡乱治疗而导致药物性肝损害。
