1、直接检查法 急性期可用新鲜血液检查活动的病原虫，或用吉姆萨染色检查厚血涂片，或将血液离心后检查浮于血凝块的上清液，查找锥虫鞭毛体。也可用组织活检，查找假孢囊内的无鞭毛体。
2、动物接种 确诊“金指标”。让实验室培养的猎蝽虫吮吸疑为克鲁斯锥虫感染者的血液4～6周后检查猎蝽虫的直肠，可发现锥虫。此法很特异，只要外周血存在极少量的锥虫即可确诊。
3、聚合酶链反应 测血液和组织中克鲁斯锥虫特异的DNA片段。应用此法，要10ml血液中有1个锥虫就能发现。与动物接种一样，该法的特异性高达100%，敏感性也很高，甚至可以替代动物接种，但对晚期、慢性Chagas病患者的敏感性尚不理想。
4、血清实验 是目前临床上主要的诊断方法，可发现感染者体内存在的抗克鲁斯锥虫抗原的IgG抗体。此种抗体在感染后4～6周出现，并终生存在。尽管此法在诊断上有较高价值，但其滴度与疾病的严重程度并无关系，亦无证据表明抗体对疾病的病程有何影响。常用的方法有：补体结合试验、间接免疫荧光抗体测定以及酶联免疫吸附试验等。
5、右心室心内膜心肌活检 较轻或晚期的病例可采用本法了解心肌损害程度，但通常不会发现锥虫。
6、X线检查 可显示巨食管及巨结肠。可发现心脏扩大及特殊的心尖部动脉瘤等征象。
