虽然咳嗽变异性哮喘通常没有生命危险，但由于咳嗽变异性哮喘可以发展为典型哮喘，且本病可以严重影响睡眠、工作和学习，因此应及早诊断并积极进行治疗。
一旦确诊为咳嗽变异性哮喘，应停止应用抗生素或抗病毒药物，同时应注意避免过敏原的接触。特别是对小儿咳嗽变异性哮喘实施哮喘病初级预防，旨在促进和加强Th1的细胞反应。
咳嗽变异性哮喘治疗原则和典型哮喘一样，主要以吸入糖皮质激素进行抗炎治疗为主，具体治疗方案和吸入糖皮质激素的剂量可参考扩展阅读中的治疗方案。通常需要连续吸入5-7天，在气道炎症控制后，咳嗽症状可逐渐减轻或消失。吸入糖皮质激素的时间应至少持续3个月，以免复发。如果咳嗽较重，必要时可配合应用支气管扩张剂如吸入或口服β2受体兴奋剂或/和口服茶碱类药物，可以暂时缓解咳嗽症状。抗变态反应药物如左旋西替利嗪、地氯雷他定以及肥大细胞稳定剂如Nedocromil、色甘酸钠等也可以收到良好的效果，但往往需要持续应用2周以上。
对于停药后又反复发作的患者应及时查清过敏原，采取有效的预防手段，必要时给予变应原疫苗治疗。
