1、细菌的直接检查 用培养、PCR、组织学方法直接检测胃黏膜内的Hp。
(1)培养法：通过胃镜钳取胃窦黏膜作Hp培养是最精确的诊断方法，可作为验证其他诊断性试验的金标准。此外，还可提供细菌的药物敏感试验，指导临床选用药物，尤其是治疗失败者或生活在Hp耐药性很高的国家与地区。Hp培养法特点是特异性高，但敏感性居中，操作技术难，耗费时间较长，培养需3～6天，即使是有经验的实验师操作，培养成功率也仅达75%～95%。影响Hp生长，造成假阴性结果的因素有许多，如培养标本不含Hp;胃镜检查时吞咽表面麻醉剂;活检钳污染;或最近使用过抗生素或铋剂，这些均能抑制细菌生长。此外标本接种时间与分离培养基是否新鲜也有关。
最近报道从人的粪便中也可培养出Hp，但需在微氧的环境下离心，浓缩细菌而获得，因为目前只能在50%Hp定植患者的粪便中检出，所以对此非侵袭方法尚需作进一步研究。
(2)组织切片法：另一种Hp的直接检查法，能提供组织形态学的信息，因为Hp定居在人胃黏液的黏液下层，上皮细胞表面，正常情况下该部位不存在其他细菌，因此根据在组织切片上的形态特点和分布特征 (在胃黏液和胃腔之间存在螺旋杆菌状物)，即可诊断Hp感染，是较可靠的方法。组织学检查特点是敏感性高，可同时做病理检查，并可永久保存资料。染色方法很多，包括HE染色、Gram染色、碳酸复红染色、W-S(Warthin-Starry)染色、Giemsa(吉姆萨)染色等。革兰染色，因检出率低几乎已不用;标准HE染色能检出Hp，但也不是可靠的方法，W-S银染是很好的技术，尽管价格和技术要求高，由于检测有效，临床应用较为普遍，吉姆萨染色费用较少，一些作者认为此方法在质量上与W-S银染相等。
除常规的组织学检查外，还有免疫化学和免疫荧光方法，但需使用免疫荧光镜和免疫抗体，使检查变得更昂贵，且又不能提供常规组织学发现以外的信息，因而不能常规使用，多用于实验室研究。
(3)直接涂片染色：用相差显微镜直接检查涂于玻片上的胃黏液中Hp。可用吖啶橙染色、革兰染色、Giemsa染色。
(4)PCR(聚合酶联反应)：PCR是检测Hp是否存在另一种方法，特点是即能快速检测到新鲜胃黏液标本中的Hp，也能检测石蜡包埋的活检样本。PCR的引物对所有Hp菌株是特异的，故具有高度特异性。和快速尿素酶、培养法和组织学比较，PCR又具有高度敏感性。但一些隐匿的因素能影响此高度的敏感性和特异性，如内镜和活检钳清洗、消毒不严导致DNA污染，使特异性降低，使敏感性降低的因素有细菌在胃黏膜的斑块状定植或PCR抑制因素的存在。PCR可用于Hp感染的临床诊断，流行病学调查，Hp的分子遗传学研究。
