一、基因诊断
迄今为止，HPV难以用传统的病毒培养和血清学技术检测，主要的实验诊断技术是核酸杂交。近年来发展起来的PCR方法具有特异性、敏感性、简单性和快速性等优点，为HPV检测开辟了新的途径。
二是采用过氧化物酶抗过氧化物酶法（PAP），显示疣体内的病毒蛋白，证明疣体损害中有病毒抗原。
第三，醋酸白试验
用3-5%的醋酸外涂疣体2-5分钟，病变部位变白并略微隆起，肛门病变可能需要15分钟。该试验的原理是蛋白质与酸凝结变白的结果。人乳头瘤病毒感染的细胞产生的角蛋白与正常未感染的上皮细胞不同，只有前者可以被醋酸脱色。醋酸白试验检测HPV的敏感性很高，在观察组织学变化方面优于传统试验。然而，在上皮增厚或创伤性擦伤的情况下，偶尔会出现假阳性，假白斑的迹象不明确，不规则。CDC建议，醋酸白试验不是一种特异性试验，假阳性比较常见。
IV.组织化学检查
取少量病变组织，用抗人乳头瘤病毒的特异性抗体进行染色。如果病变中存在病毒抗原，则抗原-抗体组合。在过氧化物酶-抗过氧化物酶（PAP）方法中，细胞核可能被染成红色。这种方法具有特异性，而且比较迅速，对诊断有帮助。
五、病理检查
主要发现是角化不完全，棘层高度肥厚，乳头状增生，表皮突起增厚和延长，可能类似于假性上皮瘤样增生。棘细胞和基底细胞有相当数量的核分裂，类似于癌细胞。然而，细胞的排列是有规律的，增生的上皮细胞和真皮之间的界限是清楚的。它的特点是在颗粒层和棘层的上部细胞中形成空泡。这些空泡细胞比正常的大，细胞质颜色浅，中心有一个大的、圆的、深嗜碱性的细胞核。Bushke-loewenstein巨疣的表皮极度向下生长，取代了底层组织，很容易与鳞状细胞混淆，所以需要多次活检。如果病人有缓慢发展的趋势，则是一种低度恶性过程，称为疣状癌。
