犬接触细小病毒后在3-14天内出现体症，平均发病时间为5-7天。临床症状包括：食欲下降、沉郁、发热、呕吐、腹泻、粪便带有犬细小病毒特有的腥臭味。成年犬(十二个月以上的犬)发病率很低，如果不是纯度很高的犬或者近亲交配的成年犬一般不会出现明显症状，仅表现为粪便带有一定腥臭味，食欲减退，如果无加重情况可无需治疗。
感染犬细小病毒后的犬，在临床上可分为肠炎型和心肌炎型。
肠炎型：自然感染潜伏期为7天～14天，病初表现发热，体温可达40℃以上，精神沉郁，不食，呕吐。初期呕吐物为未消化的食物以及白色泡沫(胃酸)，之后为粘液状及黄绿色液体。发病一天以后开始腹泻。病初粪便为稀糊状或半成形状，有一定的腥臭味。随着病情发展粪便成为深绿色或黄色的果冻状。随后粪便呈番茄酱色或咖啡色，味腥臭，排便次数不定，有里急后重的症状。血便后病犬表现为眼球下陷，鼻镜干燥，全身无力，体重明显下降，同时伴有眼结膜、口腔粘膜苍白，严重的贫血症状，该病如不及时治疗可造成肠内容物的毒素吸收中毒，直至休克、死亡。偶有犬类出现以下情况：粪便为透明水状物，里面带有血丝，带有腥臭味，或者粪便为白色稀状粪便。
心肌炎型：多见于40日龄左右的幼犬，病犬无明显临床症状，有的突然呼吸困难，心力衰竭，短时间内死亡;有的病犬轻度腹泻后死亡。犬细小病毒心肌炎型为犬细小病毒攻击狗狗的心肌细胞造成的，可以在短时间内破坏狗狗的心肌细胞。继而患犬出现气喘、口头粘膜和皮肤发绀，有时突然衰竭死亡是幼犬患本病的唯一体症。耐受过的幼犬由于存在永久性心肌损伤，在感染后数周以至数月仍可死于本病。多见于幼犬，幼犬还有10%几率出现犬细小病毒同时攻击狗狗的肠上皮细胞和心肌细胞。
