对于2CM以内的胃间质瘤，因为一般恶性程度低，有可能长期不变化，在是否需要尽早切除的问题上，还有一定的分歧。较多国家的临床诊治指南推荐定期胃镜复查，如果超声胃镜检查发现有一些危险因素，比如超声回声不均匀、形态不规则等，可以早切除，否则不必预防性切除，特别是在老年病例。需要注意的是，生长在胃以外的胃肠间质瘤，一旦发现，是建议切除的。
GIST的治疗以手术切除为最基本的治疗。由于胃间质瘤一般不发生淋巴转移，所以不需要清扫淋巴结，只需要局部切除就可以了。但间质瘤极易种植转移，因此要求肿瘤的完整切除，肿瘤的破损即是预后不良的重要危险因素。目前胃间质瘤的手术治疗方式为肿块完整切除，避免肿瘤破损，尽量保留胃的功能。
随着单纯胃镜下剥离切除、止血、创面封闭技术的提高，近年来，小间质瘤采用单纯胃镜下切除的病例也越来越多，为保证安全性，应用内镜下切除的胃间质瘤一般是2CM以内的小肿块。有很多经内镜下切除大于2CM的肿块的成功病例，主要是向胃腔内生长的肿块。为避免剥离时伤及肿块，近年来发展起来的内镜下全层切除术，在理论上可以达到外科手术相同的效果，但技术要求高，病例选择要慎重，以保证病人安全，因为安全与长远效果比微创更重要。
腹腔镜手术已可完成胃任何部分或者全胃切除，在安全的同时具有明显的微创优势。 2 0 0 7年美国国家综合癌症网络 (N C C N)基于临床研究证据认为 2c m以上胃GIST必需要手术，2cm-5cm的胃间质瘤，可以采用腹腔镜下手术，手术方式是切除部分胃。对于直径超过10CM的胃间质瘤，因为即使腹腔镜下完整切除了肿瘤，也需要做较大的切口以完整地取出标本，所以一般采用开腹手术(胃癌与此不同，肿块为扁平，可装袋后经小切口取出)。
胃镜与腹腔镜相结合的手术，是目前治疗胃间质瘤的最佳方法，可以达到精准定位、勾划最小安全切缘的作用。应为胃间质瘤最常见部位在于胃上段，靠近为入口贲门的部位，尽量保留胃壁，是保证术后胃功能的重要因素。位于胃后壁、主要向腔内生长的肿瘤，都需要术中定位。由外科医生自己亲自进行内镜检查和治疗的医院，在评估是否适合单纯内镜治疗，以及实施内镜与腹腔镜联合治疗方面，具有明显的优势。
