1.一般治疗
本病如无并发症，预后一般良好，多在一周内痊愈。主要为对症治疗。
(1)首先隔离患儿，接触者应注意消毒隔离,避免交叉感染。
(2)对症治疗,做好口腔护理。口腔内疱疹及溃疡严重者，用康复新液含漱或涂患处，也可将思密达调成糊状于饭后用棉签敷在溃疡面上。
(3)衣服、被褥要清洁，衣着要舒适、柔软，经常更换。
(4)剪短宝宝的指甲，必要时包裹宝宝双手，防止抓破皮疹
(5)手足部皮疹初期可涂炉甘石洗剂，待有疱疹形成或疱疹破溃时可涂0.5%碘伏。
(6)臀部有皮疹的宝宝，应随时清理其大小便，保持臀部清洁干燥。
(7)可服用抗病毒药物及清热解毒中草药，补充维生素B、C等。
2.合并治疗
(1)密切监测病情变化,尤其是脑、肺、心等重要脏器功能;危重病人特别注意监测血压、血气分析、血糖及胸片。
(2)注意维持水、电解质、酸碱平衡及对重要脏器的保护。
(3)有颅内压增高者可给予甘露醇等脱水治疗,重症病例可酌情给予甲基泼尼松龙、静脉用丙种球蛋白等药物。
(4)出现低氧血症、呼吸困难等呼吸衰竭征象者,宜及早进行机械通气治疗。
(5)维持血压稳定，必要时适当给予血管活性药物。
其他重症处理：如出现DIC、肺水肿、心力衰竭等，应给予相应处理。
3.抗病毒药物
因为抗病毒药一般在发病24小时到48小时前使用才是最佳的。而往往我们确诊手足口病的时候，都已经过了最有效的治疗阶段，现在也不提倡用抗病毒的药物。
