口服广谱抗真菌药，能有效治疗包括皮肤癣菌、酵母菌和霉菌在内的各种真菌感染引起的灰指甲，临床研究证明有效治愈率达85-90%。由于其具有高度的亲脂性、亲角质性的特点，按疗程服用后药物可持续在指甲中发挥作用超过10个月，难看的灰指甲随即被健康的指甲替代。
应该口服抗真菌药物如伊曲康唑胶囊或者氟康唑胶囊治疗。脚气治疗以外用抗真菌药物为主，主要有达克宁、兰美抒、贵州神奇、华陀膏等多种，只要坚持使用，症状消失后继续使用一周维持通常可以治愈。同时需保持足部干燥、清洁，鞋子要透气性好。
灰指甲建议口服结合局部用药治疗，口服可以用，斯皮仁诺，疗霉舒，特比萘芬等，局部治疗用小利刀刮除松脆病甲，或挫薄增厚的病甲，然后涂10%碘酒或30%冰醋酸溶液，也可把病甲浸于10%碘酒或鹅掌风特效药中，坚持治疗几个月后，即可生出新甲。
其他治疗方法：
手术拔甲的治疗虽然方法简单，但由于有时很难彻底清除病甲，并且仍然存在甲床中的真菌再次侵入甲板的机会，复发较多且术后造成的剧痛和可能引起的继发感染给生活和工作都带来诸多不便，目前极少采用。
