憩室的大小形状各不相同，但多数是其入口较小。一旦肠内容物进入憩室又不易排出而潴留时，可引起各种并发症;或者憩室内虽无肠内容物潴留，但它也可能压迫邻近器官而产生并发症。故对于由憩室所继发的一些病理变化的了解很重要。十二指肠憩室的并发症较多如十二指肠部分梗阻、憩室炎、憩室周围炎、憩室内结石、急性或慢性胰腺炎、胃十二指肠溃疡恶变、大出血穿孔、胆管炎、憩室胆总管瘘、十二指肠结肠瘘、梗阻性黄疸等。
1.憩室炎与憩室出血：由于十二指肠憩室内容物潴留细菌繁殖，炎性感染，
十二指肠憩室可引起憩室炎。继之憩室黏膜糜烂出血，亦有憩室内异位胃黏膜异位，胰腺组织引起出血，或憩室炎症侵蚀或穿破附近血管发生大出血，以及少见憩室内黏膜恶变出血。
2.憩室穿孔：由于憩室内容物潴留，黏膜炎性糜烂并发溃疡，穿孔多位于腹膜后，穿孔后症状不典型，甚至剖腹探查仍不能发现，通常出现腹膜后脓肿，胰腺坏死，胰瘘。若剖腹时发现十二指肠旁蜂窝织炎或有胆汁、胰液渗出，应考虑憩室穿孔可能，需切开侧腹膜仔细探查。
3.十二指肠梗阻：憩室引致十二指肠梗阻多见于腔内型憩室，因憩室充盈形成息肉样囊袋而堵塞肠腔。或较大的腔外型憩室因内容物潴留，压迫十二指肠所致梗阻，但大多数是不全性梗阻。
4.胆、胰管梗阻：多见于乳头旁憩室腔内型或腔外型均可发生。因胆总管、胰管开口于憩室下方或两侧甚至于憩室边缘或憩室内，致使Oddi括约肌功能障碍;憩室机械性压迫总胆管胰管致胆汁、胰液滞留腔内压力增高，十二指肠乳头水肿，胆总管末端水肿，增加逆行感染机会并发胆管感染或急慢性胰腺炎索。Lemmel曾将十二指肠憩室合并有肝胆、胰腺疾病时所表现的症状群称为Lemmel综合征。亦有人称之为十二指肠憩室综合征。
5.伴发病：十二指肠憩室的病人中常伴有胆道疾病、胃炎、消化性溃疡、胰腺炎、结石、寄生虫等。它们之间互为影响是并发或伴发，已无争议。两者同时存在占10%～50%。其中伴发胆道疾病者应属首位。常是“胆道术后综合征”的原因之一。因此在处理十二指肠憩室的同时，要注意不要遗漏这些伴发病的存在。
憩室内形成粪石和胆石，其中尤以胆石的发病率为高，此乃因十二指肠憩室反复引起逆行性胆总管感染，造成胆总管下段结石。大西英胤等收集部分世界文献统计十二指肠憩室合并胆石的发病率为6.8%～64.2%。可见日本人的发病率比英美人高。有人指出在处理胆石症时(事先未发现十二指肠憩室)，同时处理憩室的情况日益多见。遇到法特乳头开口正好在憩室内和(或)合并胆石症者，其处理较为困难。术前应有所估计。
