以精液异常为首要原因，精子数量往往减少(精子数<2000万/毫升)，而且精子质量差，活动力低，并有畸形精子出现;其次是性功能障碍及生殖器官疾患等。
1、染色体异常。常见的有男性假两性畸形、克氏综合征和XYY综合征。
2、内分泌疾病。内分泌失调不育的原因一：睾丸内分泌异常的病变。原发性睾丸功能低下，从而导致内分泌异常，而以下疾病又很容易引起睾丸功能的低下，比较常见的有细胞毒素损害、营养不良、克莱恩弗尔特综合征、放射性损伤等;继发性睾丸功能低下，如Kallmam氏综合征、雄激素受体缺乏所表现的男性假两性畸形等。内分泌失调不育的原因二：垂体病变。垂体功能亢进，导致垂体分泌的异常。早期可出现性欲增加、体型改变等，继而便发生性欲减退、精液异常、阳痿等并导致不育。垂体功能低下，如垂体肿瘤、炎症、手术损伤或放疗破坏垂体，致使垂体功能低下，也可导致垂体分泌的不正常。出现性欲、性交能力降低，睾丸萎缩，精子生成障碍。垂体肿瘤可使血中催乳素水平升高，干扰LH的分泌而抑制睾丸生精功能及发生阳痿，从而导致男性不育。内分泌失调不育的原因三：肾上腺疾病。肾上腺分泌的紊乱也是导致男性不育的重要原因之一。如阿狄森氏病、女性化肾上腺皮质肿瘤、柯兴氏综合征、先天性肾上腺增生症、醛固酮增多症等疾病，均可造成男性不育。
3、生殖道感染较为常见。随着性传播疾病发病率的提高，生殖道炎症如前列腺炎、附睾炎、睾丸炎、尿道炎的发病率和严重程度有所增加，严重影响男性的生育能力。
4、输精管道梗阻。影响精子的输送。
5、睾丸生精功能异常。①、常见于隐睾，精索静脉曲张，毒素、磁场、高热和外伤等理化因素皆可引起睾丸的生精障碍。②、睾丸后天损伤：如疝气修补术、鞘膜积液手术、睾丸固定手术等损伤了睾丸血管，阻碍血供而使睾丸萎缩。③、鞘膜积液：鞘膜积液压迫了睾丸血液循环，可导致睾丸感染或萎缩。该病青春期后发病率为16%—19%。
6、精子结构异常和精浆异常。影响精子的运动、获能和顶体反应等。
7、免疫性不育。男性自身产生的抗精子免疫和女性产生的抗精子同种免疫均可引起男性不育。正常的精子可引起精子自身免疫的因素有：1、睾丸外伤或外科手术;2、睾丸和附属性腺(特别是前列腺和精囊)的感染;3、输出管道(如附睾、输精管)梗阻;4、老年时睾丸退行性变。这引起因素均可引起精子抗体与自身免疫系统接触，T细胞致敏和产生睾丸炎。对精子抗原的自体免疫或同种免疫，至少有两种机制引起不育：①、干扰发生过程，引起无精症或少精症;②、通过抗体对精子在正常生育有中的作用产生不育影响。
8、男性性功能障碍。阳痿、早泄、不射精和逆行射精皆可引起男性不育。
9、附属腺异常引起不育。前列腺疾病、精囊炎、阴囊感染 等皆可引起男性不育。
