非淋菌性尿道炎治疗时不应滥用抗生素，如绝大多数青霉素药物对衣原体、支原体均无效，一般不应使用。磺胺对衣原体有效而对支原体均无效，链霉素大观霉素对衣原体无效对支原体有效，庆大霉素、新霉素、多粘菌素对衣原体无效，只有到正规医院找专业医生诊治才是关键。
1、物理疗法：主要有坐浴、热疗及各种理疗仪治疗，他们能够促进炎症吸收，改善血液循环，缓解症状的作用。物理疗法主要借助于声、电、热、水等各种物理因素，对机体组织和致病因子发生作用，以调节机体免疫状态，促使血循环加速以达到治疗目的，只能起到一点辅助作用。
2、中药治疗：一种传统的治疗方法，通常采用中药治疗，治疗的药物应该以清热解毒，利湿通淋为主，辅以补肾固本，活血化瘀，扶正祛邪，提高机体免疫力为组方之法，避免非淋的再次复发。但是中药治疗非淋，只能缓解非淋的症状，不能彻底的治俞，所以患者最好与其他的症状相互配合，共同治疗。
“基因疗法”是目前国际上领先由世卫组织推荐治疗非淋菌性尿道炎的首选疗法，尤其对迁延不愈合并有并发症的和耐药、抗药的支原体和衣原体感染者疗效显著。该疗法从基因分子生物学角度，对病变的源头进行控制，采用高效基因抗生素，发挥离子渗透效应，使药物分子直接快速渗透到全身血液和泌尿系统，起到破坏病毒的基因生物链，迅速清除病原体，从而达到治俞非淋菌性尿道炎不复发的目的。
